Під веселі мелодії вальсів, що лунали з гучномовців та під бадьорий гуркіт літака, що кружляв над яром і мав заглушити ридання, крики та благання про допомогу, нацисти розстрілювали людей. Попередньо роздягнувши своїх жертв, гітлерівці заганяли їх палицями на край яру і стріляли з кулемета, що стояв на спеціально обладнаній платформі навпроти. Вбиті падали просто у яр, їхні тіла покривалися тілами нових жертв, шар за шаром.

Так 29 вересня 1941 р. розпочалася трагедія у Бабиному Яру, яку потім назвуть одним із найстрашніших злочинів, здійснених нацистами в історії Голокосту. Подібні акції нацистська Німеччина влаштовувала на території окупованої України, назвавши «остаточним вирішенням єврейського питання».

29 та 30 вересня 1941 р. зондеркоманда 4а айнзатцгрупи С під керівництвом штандартенфюрера СС Пауля Блобеля розстріляла у Бабиному Яру 33 тис. 771 єврея, знищивши всю єврейську громаду міста Київ.

Нацисти страчували там людей до 1943 р., але найбільш масові розстріли відбулися саме 29–30 вересня 1941 р.

За час німецької окупації у Бабиному Яру було розстріляно біля 100 тисяч людей, з них приблизно 65–70 тисяч євреїв.